رسانه‌های جاپانی گزارش داده‌اند که دولت این کشور در اقدامی نادر ۹۸ شهروند افغانستان را که بعد از روی کار آمدن طالبان از افغانستان بیرون آورده بودند، به عنوان پناهجو پذیرفته است.
افرادی که جاپان به آنها پناهندگی اعطا کرده است کارمندان سفارت این کشور در افغانستان همراه با خانواده‌های آنها هستند. به این افراد ویزای اقامتی پنج ساله داده شده و بعد از آن اگر واجد شرایط باشند، می‌توانند درخواست اقامت دایمی در ژاپن بدهند.
بعد از روی کار آمدن ناگهانی طالبان به قدرت، حدود ۸۰۰ شهروند افغانستان که با نهادهای مختلف دولتی و غیردولتی جاپان کار می‌کردند، به این کشور تخلیه شدند. گفته شده که احتمال پذیرش شمار بیشتری از این پناهجویانی که با نهادهای دولتی و غیردولتی جاپان کار می‌کردند، یا هم در این کشور تحصیل کرده‌اند، وجود دارد.
جاپان در سال ۱۹۸۲ پناهجویان را به رسمیت شناخت اما هیچ زمانی پا به پای غرب، پذیرای پناهجو نبود.
